Le projet ECONNECT prévoit de souligner la mise en œuvre des actions programmées dans les régions pilotes. On atteindra ce but en identifiant les obstacles, en continuant à améliorer ou à créer la connectivité écologique et en réalisant aussi des stratégies efficaces pour intéresser des communautés qui peuvent gagner un avantage de ce projet. Cette stratégie et le plan d'actions qui en résultera seront développés dans les 7 régions pilotes.
Dans ces zones on travaillera pour créer un continuum écologique et pour réduire la fragmentation. Cela entraînera la création de corridors sur le terrain et de mesures visant à promouvoir le développement d'un réseau écologique pan-alpin.

L’Aire transfrontalière de Berchtesgaden - Salzbourg se trouve entre la Bavière (Allemagne) et le Salzbourgeois (Autriche). Elle est caractérisée par la coexistence d’habitats alpins conservés intacts à travers le temps et par des paysages où la nature et l’urbanisation vivent en harmonie. C’est un lieu où beaucoup de plantes rares et d'espèces animales sont présents et où les dynamiques typiques de la région alpine sont nettement visibles. Il existe beaucoup de zones protégées dans cette région. Elles sont particulièrement indiquées pour l'élaboration d'approches intégrées visant à la conservation de la biodiversité.
La grande importance de la région en ce qui concerne l’écologie et son appartenance à une zone bio - géographique rendent crucial la réalisation d’une coopération pour créer un réseau écologique. Des améliorations peuvent être apportées en développant des projets existants, par exemple en matière d'échange d'informations et collaboration dans la recherche. Les efforts entrepris pour accroître la connectivité écologique font partie intégrante du projet ECONNECT. On parviendra à ce résultat avec la coopération entre le Parc National de Berchtesgaden, et sa réserve de biosphère, le Parc Naturel Weissbach et beaucoup d'autres réserves naturelles. Une étroite collaboration et coordination avec la région pilote adjacente des "Hohe Tauern" est prévue pendant la réalisation du projet.

L'Isère est située dans la région française de Rhône-Alpes. Cette région est caractérisée par la présence de vallées très peuplées situées en dehors des Alpes. Des mesures décisives sont nécessaires pour empêcher la construction d'une agglomération urbaine importante entre Valence et Genève, et surtout pour sauvegarder les vallées. En effet, elles représentent une route de migration fondamentale pour toute la région alpine, en particulier pour les oiseaux migrateurs. En outre, elles jouent un rôle clé dans la migration de certaines espèces locales: une migration qui passe notamment par les montagnes et les nombreuses grandes aires protégées qui se trouvent dans cette région (Parc National des Ecrins, Parc Naturel du Vercors, Chartreuse, Bauges).
Le Département de l'Isère est actif dans la mise en place d'un réseau écologique depuis 1996. Une carte des différents réseaux dans la région a été esquissée en 2001. Plusieurs initiatives ont été organisées pour améliorer les réseaux précédemment localisés (« ponts verts » et tunnels, limites de vitesse dans des tronçons particuliers, relations publiques, un processus de planification fait avec le plus grand soin). Le Département est en train de promouvoir un projet européen à grande échelle (70 kms) pour la protection de la connectivité entre trois massifs. La région a également pour but l’intégration de ces opérations dans un plus grand contexte alpin. Les expériences du Département et les résultats obtenus grâce aux précédents projetspeuvent être partagés avec d'autres régions pilotes.

On a travaillé dans cette région en considérant les affinités culturelles avec la région "Eisenwurzen", et ses plus de 800 ans d'histoire. Maintenant la région abrite un espace commun, culturel et économique, impliquant trois "Bundesländer" et plus de 25 aires protégées ayant une population de plus de 200.000 habitants. Le territoire comprend de vastes zones avec une basse densité de population et un niveau de fragmentation réduit, une grande partie de forêt (> 80%), une urbanisation dense et une riche biodiversité. La proximité d'autres régions alpines et du massifs des Carpates rend ce territoire très notable.
Lors d'un premier séminaire en 2006, il a été décidé, de développer un réseau écologique dans les zones protégé de la région par le biais d’ initiatives conjointes, . Ensuite, trois autres séminaires d'information ont été organisés et à peu près 150 acteurs locaux ont été interviewés à ce sujet.

Cette région est localisée à cheval entre l'Autriche, l'Italie et la Suisse. Deux zones sont particulièrement importantes ici:
La première s'étend de la plaine du Pô et, passe le long de la vallée de l’Adige dans les Alpes centrales, puis arrive jusqu’à la vallée de l'Inn (Engadin en Suisse et Haute Vallée de l'Inn en Autriche). Il y a à cet endroit des sentiers migratoires provenant de l'est et du sud, en grande partie déterminés par les caractéristiques géographiques / topographiques. Les réseaux sont particulièrement importants dans la Vallée de l'Adige, densément peuplée et cultivée (vergers).
La deuxième zone est située entre les zones protégées existantes, comme le Parc National Suisse et le Parc National Stilfserjoch, la Biosphère Val Müstair, le Parc Naturel Kaunergrat, Adamello-Brenta et Adamello et dans certaines zones du Parc Naturel du Haut-Adige. Dans cette région seront prises en considération les points de vue purement administratifs et juridiques visant à un développement d'un lien entre les zones protégées existantes. Le premier séminaire auquel ont participé des acteurs provenant de tous les pays impliqués et actifs dans les divers secteurs économiques et administratifs concernés (agriculture, sylviculture, aménagement du territoire, conservation du patrimoine naturel, etc.) a eu lieu en octobre 2008.
Le réseau écologique sera promu par une forte coopération internationale et une coordination des différents secteurs.

Le Parc Naturel du Sud - Tyrol et le Parc National "Hohe Tauern", représentent dans cette région le réseau le plus complet et cohérent du territoire alpin. Cette région est donc d’importance extraordinaire: elle est une intersection essentielle entre les Alpes septentrionales et celles au sud-est de la Slovénie. Elle est également vitale pour certaines espèces de rapaces. Cette zone représente également un passage de vastes zones des Dolomites à la "Hohe Tauern".

Cette région pilote est situé sur la frontière sud - occidentale des Alpes entre la région française de la Provence-Alpes - Côte d'Azur, le Piémont et la Ligurie en Italie.
Le Parc Naturel des Alpes Maritimes sur le versant italien et le Parc National du Mercantour sur celui français sont, ensemble, une unité géographique unique. Les deux régions sont aussi culturellement semblables et peuvent être considérés comme une unité locale unique. Pour ces raisons, la coopération transfrontalière dans cette zone est bien consolidée. Cette région a un rôle important en tant que lien entre les Alpes et les Apennins.

Cette région pilote se trouve entre l'Italie et la Suisse, dans le Nord - Est de la Vallée d'Aoste. Elle coïncide avec la Zone Naturelle d’Intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique (ZNIEFF) ainsi que la Zone de Protection Spéciale (ZPS) : “Environnements Glaciaux du Groupe du Mont-Rose“.
Cette zone comprend tout le versant valdôtain du Mont-Rose et quelques parties des Vallées d'Ayas et de Grassone et la zone de la crête entre les bassins du Valtournenche, du Breuil et les Cimes Blanches.
Ce site comprend aussi l'habitat des “Lapiaz“, et beaucoup d’habitats de grand intérêt. La région est un corridor de migration fondamental pour les bouquetins entre la Suisse, le Piémont et la Vallée d'Aoste. Ce lieu sera bientôt l'objet d'études afin de maintenir et d'améliorer la connectivité écologique dans la région.