Schwerpunkt des ECONNECT-Projekts ist die Umsetzung von Massnahmen in Pilotregionen. Dies wird erreicht, indem Hindernisse identifiziert und erste Massnahmen durchgeführt werden, mit denen ökologische Verbindungen wiederhergestellt und effiziente Strategien zur Einbindung von verschiedenen Interessensgruppen umgesetzt werden. Dazu wurden sieben Pilotregionen mit einer besonderen Vielfalt an Pflanzen und Tieren ausgewählt.
In diesen Gebieten sollen ein ökologisches Kontinuum verwirklicht und die Lebensraumzerschneidung reduziert werden, wodurch konkrete räumliche Verbindungen (Korridore) für den Aufbau eines alpenweiten ökologischen Netzwerks entstehen.

Die grenzübergreifende Region „Berchtesgaden – Salzburg“ umfasst Teile des Freistaats Bayern in Deutschland sowie des österreichischen Bundeslands Salzburg. Das Gebiet zeichnet sich durch ein vielseitiges Mosaik aus: Neben weitgehend unberührten, alpinen Habitaten in ihrer natürlichen Dynamik finden sich traditionelle Kulturlandschaftselemente mit einem breiten Spektrum seltener Tier- und Pflanzenarten. Die zahlreichen Schutzgebiete in der Region sind als Ausgangspunkte für die Entwicklung integrativer Ansätze zum Erhalt der biologischen Vielfalt besonders gut geeignet. Da das Gebiet ökologisch besonders wertvoll ist und zu einer biogeographischen Region gehört, ist die Zusammenarbeit im Hinblick auf den Aufbau eines ökologischen Netzwerks besonders wichtig. Weitere Aktivitäten können durch die Fortführung bestehender Projekte ermöglicht werden, z.B. hinsichtlich Datenaustausch und Forschungszusammenarbeit. Basierend auf der engen Zusammenarbeit zwischen dem Nationalpark Berchtesgaden, dem Biosphärenreservat Berchtesgaden, dem Naturpark Weissbach und mehreren Naturschutzgebieten sollen im Rahmen von ECONNECT Massnahmen zur Stärkung des ökologischen Verbunds umgesetzt werden. Dabei ist während des gesamten Planungsprozesses eine enge Zusammenarbeit und detaillierte Koordinierung mit der angrenzenden Pilotregion Hohe Tauern vorgesehen.

Das Département Isère liegt in der französischen Region Rhône-Alpes. Besonders charakteristisch für diese Pilotregion sind ihre dicht besiedelten Talräume am Rande der Alpen. Hier besteht besonderer Handlungsbedarf, um die Entwicklung einer durchgehenden Besiedlung von Valence bis nach Genf zu verhindern. Gleichzeitig stellen die Talräume alpenweit bedeutsame Migrationswege für viele Arten und insbesondere Zugvögel dar. Sie spielen auch eine wichtige Rolle bei der lokalen Migration einiger Arten zwischen den verschiedenen Gebirgsstöcken und grossen Schutzgebieten der Region (Nationalpark Les Ecrins, Nationalpark Vercors, Chartreuse und Bauges).
Die Verwaltung des Département Isère setzt sich bereits seit 1996 für einen ökologischen Verbund ein. 2001 wurde eine Karte der ökologischen Netzwerke der Region ausgearbeitet. Seitdem wurden zahlreiche Massnahmen umgesetzt, um in der Analyse identifizierte Verbindungen zu realisieren (Grünbrücken und Tunnel, Geschwindigkeitsbeschränkungen auf wichtigen Strassenabschnitten, Öffentlichkeitsarbeit, Berücksichtigung in verschiedenen Planungsverfahren). Das Département führt ausserdem ein gross angelegtes europäisches Projekt durch, um die Verbindungen zwischen den drei Bergmassiven zu fördern. Dabei sollen die Aktionen in einen breiteren alpinen Rahmen gestellt werden. Die Erfahrungen, die im Département Isère gemacht werden sowie Ergebnisse früherer Projekte können mit anderen Pilotregionen geteilt werden.

Die Projektregion ist von der gemeinsamen Geschichte des Kulturraums Eisenwurzen mit seiner mehr als 800jährigen Nutzungsgeschichte geprägt. Auch heute noch bildet sie einen Kultur- und Wirtschaftsraum. Die Pilotregion erstreckt sich über drei österreichische Bundesländer und weist über 25 Schutzgebiete mit über 200.000 Hektar Fläche auf. Weiträumige Gebiete mit geringer Siedlungsdichte und wenig Zerschneidung, ein grosser Waldreichtum (>80 %) sowie eine klein strukturierte Kulturlandschaft mit hoher Biodiversität zeichnen diese Pilotregion aus. Ausserdem ist die Region ein wichtiges Bindeglied zu anderen Teilen der Alpen sowie zu den Karpaten. Im Oktober 2006 wurde in einem ersten Workshop der lokalen Schutzgebiete gemeinsam eine Initiative zur Schaffung eines ökologischen Netzwerks begründet. Im Anschluss an drei weitere Informationsveranstaltungen wurden Interviews mit ca. 150 Interessensträgern geführt.

Die Pilotregion liegt im Dreiländereck Österreich–Italien–Schweiz. In dieser Region sind insbesondere zwei Gebiete von Bedeutung:
Das erste erstreckt sich von der Po-Ebene entlang des Etsch-Tals über die Zentralalpen bis zum Inn-Tal (Engadin in der Schweiz und das obere Inn-Tal in Österreich). Hier bestehen Migrationswege von Osten und Süden, die hauptsächlich geographisch/topografisch geprägt sind. Im dicht besiedelten und intensiv genutzten Etsch-Tal (Obstanbau) sind ökologische Netzwerke besonders wichtig.
Das zweite bedeutsame Gebiet liegt zwischen den bestehenden Schutzgebieten, wie dem Schweizerischen Nationalpark, dem Nationalpark Stilfersjoch, dem Biosphärenreservat Val Müstair, dem Naturpark Kaunergrat, Adamello und Adamello Brenta sowie Teilen der Südtiroler Naturparke. In dieser Region spielen eher administrative und rechtliche Aspekte eine Rolle, um Verbindungen zwischen den bestehenden Schutzgebieten herzustellen.
Der erste Workshop mit Teilnehmern aus allen beteiligten Ländern und verschiedenen relevanten Sektoren (Land- und Forstwirtschaft, Raumplanung, Naturschutz usw.) fand im Oktober 2008 statt. Das ökologische Netzwerk soll durch eine enge internationale Zusammenarbeit und durch die Koordination der verschiedenen Sektoren gefördert werden.

In dieser Region bilden die Südtiroler Naturparke und der österreichische Nationalpark Hohe Tauern eines der grössten Schutzgebietsnetzwerke in den Alpen. Das Gebiet ist daher von zentraler Bedeutung für den gesamten Alpenbogen und zudem eine wichtige Verbindung zwischen den nördlichen Alpen und dem slowenischen Alpenvorland, das für Greifvögel besonders wichtig ist. Das Gebiet bildet ausserdem den Übergang von den Dolomiten zu den Hohen Tauern.

Diese Pilotregion liegt im südwestlichen Teil des Alpenbogens in der französischen Region Provence-Alpes-Côte d’Azur und den italienischen Regionen Ligurien und Piemont.
Der Naturpark Alpi Marittime auf italienischer Seite und der Nationalpark Mercantour auf französischer Seite bilden eine gemeinsame geographische Einheit. Beide Gebiete sind sich auch kulturell sehr nahe, so dass die grenzübergreifende Zusammenarbeit eine lange Tradition hat. Die Region ist ausserdem ein wichtiges Bindeglied zu den anderen italienischen Gebirgszügen (Apennin).

Die Pilotregion Monte Rosa liegt in Italien im Nordosten des Aostatals.
Sie entspricht dem Gebiet von gemeinschaftlicher Bedeutung (SCI) bzw. Vogelschutzgebiet (SPA) "Ambienti glaciali del Gruppo del Monte Rosa".
Das Gebiet umfasst die gesamte Aostatal-Seite des Monte Rosa mit den Haupttälern Ayas und Gressoney und den Kammbereichen zwischen den Talbecken von Valtournenche, Breuil und Cime Bianche.
Hier finden sich prioritäre Lebensräume wie das „Kalk-Felspflaster“ sowie mehrere floristisch besonders interessante Biotope.
Zudem ist das Gebiet ein wichtiger Korridor für die Migration von Steinbockpopulationen zwischen der Schweiz, dem Piemont und dem Aostatal, der noch genauer untersucht werden wird, um ökologische Verbindungen zu erhalten und zu verbessern.